Za proteklih 25 godina Centralnu banku BiH predvodilo je nekoliko guvernera. Prvi guverner Centralne banke BiH bio je diplomirani ekonomista Serge Robert iz Francuske, koji je ovu dužnost obavljao od augusta do oktobra 1997. godine.

Serge Robert iz Francuske, zajedno sa članovima Upravnog vijeća, radio je na pripremi zakona o CBBiH u saradnji sa predstavnicima Međunarodnog monetarnog fonda, te američkim i evropskim predstavnicima.

Peter Nicholl iz Novog Zelenada bio je guverner Centralne banke BiH u dva mandata od 31. oktobra 1997. godine do 10. augusta 2003. godine i drugi mandat od 11. augusta 2003. do 31. decembra 2004. godine.

Međunarodni monetarni fond postavio ga je za guvernera i CBBiH je pod njegovim rukovodstvom uspjela uspostaviti i održati stabilnost prve državne valute – konvertibilne marke, koja je u skladu sa aranžmanom currency board bila vezana za njemačku marku (DEM).

Peter Nicholl zvanje diplomiranog ekonomiste stekao je 1968. godine i u jednoj banci na Novom Zelandu radio je 22 godine. Od 1995. do 1997. godine bio je guverner Svjetske banke u Washingtonu.

Kemal Kozarić naslijedio je Petera Nichola i guverner CBBiH bio je u dva mandata od 2005. do 2015. godine.

Po završetku studija na Ekonomskom fakultetu u Sarajevu, 15 godina je radio u bankarstvu, od 1996. do početka 2000. godine obavljao je dužnost ministra finansija u Vladi Kantona Sarajevo, nakon čega je imenovan za viceguvernera CBBiH.

Kozarić je 2009. godine doktorirao i bio je predavač i dekan Ekonomskog fakulteta u Sarajevu. Trenutno je ambasador BiH u Austriji.

Senad Softić aktuelni je guverner Centralne banke BiH i ovu dužnost obavlja od augusta 2015. godine.

Softić je redovan profesor na Ekonomskom fakultetu u Sarajevu. Predsjednik je Upravnog odbora Agencije za osiguranje depozita BiH, te član Savjetodavne grupe Evropskog fonda za Jugoistočnu Evropu. Autor je i koautor 16 knjiga i monografija. Radio je u Institutu za organizaciju i ekonomiku u Sarajevu. Dobitnik je brojnih priznanja za doprinos stabilnosti finansijskog sistema u BiH.

Osnovni ciljevi i zadaci Centralne banke su utvrđeni Zakonom saglasno Općem okvirnom sporazumu za mir u BiH. Centralna banka Bosne i Hercegovine održava monetarnu stabilnost u skladu s currency board aranžmanom (1KM : 0,51129 EURO), što znači da izdaje domaću valutu uz puno pokriće u slobodnim konvertibilnim deviznim sredstvima po fiksnom kursu 1 KM: 0,51129 EURO.

Centralna banka definira i kontrolira provođenje monetarne politike Bosne i Hercegovine, upravlja službenim deviznim rezervama ostvarenim izdavanjem domaće valute. Pomaže i održava odgovarajuće platne i obračunske sisteme i koordinira djelatnosti agencija za bankarstvo bosanskohercegovačkih entiteta, koje su nadležne za izdavanje dozvola za rad i superviziju banaka.

Najviši organ Centralne banke Bosne i Hercegovine je Upravno vijeće, koje je nadležno za utvrđivanje monetarne politike i kontrolu njenog provođenja, organizaciju i strategiju Centralne banke u skladu s ovlaštenjima utvrđenim Zakonom.

U prvih šest godina, Upravno vijeće činili su guverner, koji je bio i predsjedavajući, i tri člana, od kojih su dva (Bošnjak i Hrvat) iz Federacije BiH i jedan (Srbin) iz Republike Srpske. Nakon toga, Upravno vijeće se, prema Zakonu o CBBiH, sastoji od pet osoba koje imenuje Predsjedništvo BiH na period od šest godina.

Vijeće za guvernera imenuje jednog od svojih članova. Upravu Centralne banke čine guverner i tri viceguvernera, koje je imenovao guverner uz odobrenje Upravnog vijeća. Zadatak Uprave je operativno rukovođenje poslovanjem Centralne banke. Svaki viceguverner je neposredno odgovoran za rad jednog odjela - sektora Centralne banke.

Centralna banka ima Centralni ured u Sarajevu, tri glavne jedinice i dvije filijale. Centralni ured Centralne banke Bosne i Hercegovine je u Sarajevu. Glavne jedinice su Glavna jedinica Sarajevo, Glavna banka Republike Srpske Banja Luka i Glavna jedinica Mostar. Filijale su: CBBiH Filijala Brčko i Filijala CBBiH na Palama.