Kajdić se potvrđenom optužnicom tereti za zločine protiv čovječnosti.

U optužnici se, između ostalog, navodi da je optuženi Sabahudin Kajdić u okviru širokog i sistematskog napada vojske i policije tzv. Srpske Republike BiH, a potom Republike Srpske, usmjerenog protiv civilnog stanovništva nesrpske nacionalnosti na području općine Prijedor, u periodu od juna 1992. godine do kraja augusta 1992. godine, znajući za takav napad i da njegove radnje čine dio tog napada, u svojstvu pripadnika 3. čete, 1. bataljona 43. prijedorske motorizovane brigade VRS-a, suprotno pravilima međunarodnog humanitarnog prava, počinio progon civilnog stanovništva bošnjačke nacionalnosti zbog njihove nacionalne i vjerske pripadnosti.

- I to ubistvima, prisilnim nestankom i drugim nečovječnim djelima učinjenim u namjeri nanošenja velike patnje ili ozbiljne fizičke ili psihičke povrede ili narušenja zdravlja - navedeno je u optužnici.

On se tereti da je, zajedno sa drugim pripadnicima VRS-a, u julu 1992. godine, u mjestu Gornja Puharska, općina Prijedor, učestvovao u prisilnom odvođenju dvojice civila bošnjačke nacionalnosti kojima se od tada gubi svaki trag, kao i da je učestvovao u odvođenju i ubistvu dvojice civila koji su nakon odvođenja iz kuća ubijeni na lokalitetu Jordan Njive.

Također, optuženi se tereti za mučenje i zastrašivanje većeg broja civila bošnjačke nacionalnosti.