Imajući u vidu situaciju sa virusom COVID-19, kao i broj učesnika u ovoj fazi takmičenja (32 kluba), prisustvo predstavnika klubova i medija neće biti moguće, te će se žrijeb moći pratiti samo putem zvaničnog YouTube kana NS/FS BiH.

Kod žrijeba parova šesnaestine finala, ekipa iz nižeg stepena takmičenja je domaćin utakmice. Također, u šesnaestini finala se ne mogu sastati ekipe koje nastupaju u Premijer ligi BiH.

U šesnaestini finala, osmini i četvrtfinalu igra se jedna utakmica, a u polufinalu dva meča. U finalu se igra jedna utakmica, što je promjena u odnosu na ranije sezone.

U šesnestinifinala Kupa BiH nastupit će: Alfa Modriča, Borac (Banja Luka), Budućnost (Banovići), Dizdaruša (Brčko), Fortuna (Zenica), Goražde, GOŠK (Gabela), Igman (Konjic), Klis (Buturović polje), Krupa (Krupa na Vrbasu), Leotar (Trebinje), Mladost (Doboj Kakanj), Olimpik (Sarajevo), Radnik (Bijeljina), Radnički (Lukavac), Rudar (Kakanj), Rudar (Prijedor), Sarajevo, Slavija (Istočno Sarajevo), Sloboda (Bosanski Novi), Sloboda (Tuzla), Široki Brijeg, Tekstilac (Derventa), Travnik, Tuzla City, Unis (Vogošća), Velež (Mostar), Velež (Nevesinje), Zrinjski (Mostar), Zvijezda 09 (Bijeljina), Zvijezda (Gradačac) i Željezničar (Sarajevo).

Posljednji osvajač Kupa BiH bilo je Sarajevo u sezoni 2018/19, dok u sezoni 2019/2020, zbog pandemije koronavirsa, nije proglašen osvajač najmasovnijeg takmičenja.