Upozorenja za obilne kiše izdana su u velikom broju prefektura, uključujući Fukuoku i Hirošimu, prenosi BBC.
Jedna je žena umrla, a njen suprug i kćerka nestali su nakon što je klizište uništilo dva doma u prefekturi Nagasaki.
Više od 150 vojnika, policije i vatrogasaca poslano je u pomoć u akcijama spašavanja na tom području.
- Pažljivo tragaju za nestalim stanovnicima, pazeći na dalja klizišta dok jaka kiša i dalje pada - rekao je lokalni dužnosnik agenciji AFP.
Najgore je pogođen zapad zemlje, ali se u narednim danima u cijelom Japanu očekuju jaki pljuskovi.
U prefekturi Saga bolnica je u subotu evakuirala pacijente na gornje spratove nakon što se obližnja rijeka Rokkaku izlila i poplavila zgradu, izvijestila je agencija Kyodo pozivajući se na lokalne vlasti.
Sveukupno, neobavezna upozorenja o evakuaciji sada su na snazi za više od 1,8 miliona ljudi u sedam prefektura, javila je japanska televizija NHK.