Istraga protiv Macana pokrenuta je 27. januara 2015. godine u vezi sa nabavkom putnih isprava i ličnih dokumenata, a tužilačkom odlukom nakon višegodišnjeg istraživanja konstatirano je da nije počinjeno bilo kakvo krivično djelo u ovom slučaju.

Macan je 2016. godine bio priveden na saslušanje po nalogu Tužilaštva BIH, a Ustavni Sud BiH je 11. juna 2019. godine konstatirao da su povrijeđena prava Siniše Macana u smislu nedonošenja odluke Tužilaštva BiH u razumnom vremenskom roku.

Siniša Macan bio je dugogodišnji direktor Direkcije CIPS-a i IDDEEA-e. Bio je osumnjičen za zloupotrebu položaja i nezakonitosti u procesu izbora poduzeća Muehlbauer za učešće u izradi ličnih dokumenata za građane BiH.

Nezakonitostima je, kako se navodilo u saopćenju Tužilaštva BiH nakon hapšenja, navedenom poduzeću omogućeno da dobijanjem navedenog posla i formiranjem i određivanjem cijene dokumenata stekne nezakonitu imovinsku korist. Vrijednost navedenog ugovora veća je od 100.000.00,00 KM.