Ponižen i proganjan umro je u večernjim satima, 7. marta 2003. godine, u jednom sanskom ugostiteljskom objektu. Dženaza mu je klanjana u rodnim Fajtovcima pred oko 30.000 ljudi koji su došli iz svih krajeva svijeta na njegov posljednji ispraćaj. Ukopan je u mezarju fajtovačke džamije.

Tokom agresije na Bosnu i Hercegovinu bio je komandant Trećeg i Sedmog korpusa ARBiH. Ostat će upamćen po akcijama oslobađanja Vlašića, Kupresa, Donjeg Vakufa i svog rodnog Sanskog Mosta. 

Bio je prvi poslijeratni načelnik Sanskog Mosta.

Razočaran i ostavljen, na pitanje novinara po čemu bi želio da ga pamte, general Alagić je jedne prilike odgovorio: "Neka me pamte samo po imenu i prezimenu!"

Legendarni komandant izdržao je najveće bitke u odbrani države Bosne i Hercegovine, ali nije mogao da se izbori sa nepravdom. Njegovo srce jednostavno je puklo.

O kakvoj ljudskoj veličini se radilo možda najbolje odslikava jedna priča iz ratne 1995. godine.

-Svoje Krajišnike i ostale Bošnjake pozivam da dođu u Bosnu, u Sedmi korpus, uzmu pušku u ruke i uključe se u borbu. Jer, kako ja to često kažem: Voz za Bosansku krajinu je krenuo. Požurite dok još imate mjesta, neće valjati ako nestane karata!, bile su poruke kojih sa i danas njegovi borci sjećaju.

U ljeto 1994.godine  Alija Izetbegović je gledajući kotu Paljenik na Vlašiću, pitao generala Alagića:

- Mehmede, možemo li mi ovo osloboditi?

- Ili ćemo uzeti ili nas neće biti - odgovorio je general predsjedniku Izetbegoviću. 

- Kako Mehmede? - pitao je predsjednik. 

- Za ovo što je ispred nas, ja već radim pripreme, kopam zemunice, siječem balvane, a da bismo sve savladali, moramo sačekati snijeg - samouvjereno je kazao general. 

Borci Sedmog korpusa u sadejstvu sa jedinicama Trećeg i Prvog korpusa, te Gardijske brigade Armije RBiH, u veličanstvenoj operaciji Domet 1, oslobodili su najviši vrh Vlašića, radio-relejno čvorište na Paljeniku, visoku 1.933 metra, 23.marta 1995.godine, za koju su generali evropskih armija govorili da je neosvojiva.

Bila je to jedna od najpoznatijih i najznačajnijih pobjeda Armije RBiH, koja se i danas proučava na vojnim akademijama u svijetu.  Operacija Vlašić je bosanskom čovjeku vratila pobjednički mentalitet.

General Alagić komandovao i jedinicima Armije RBiH, uz još jednu krajišku legendu generala Atifa Dudakovića, koje su u ljeto 1995. godine stigle nadomak Banja Luke. Kasnije, saznao je da je zaustavljen diplomatskom interevencijom Sjedinjenih Američkih Država.

-Nije problem načelnik Alagić, nego general Alagić - kazao je krajem jula 1999. godine komentirajući odluku tadašnjeg visokog predstavnika Carlosa Westendropa, kojom je smijenjen sa mjesta načelnika Sanskog Mosta.

Tog 2. avgusta 2001. godine, nakon što su ga uhapsili specijalci Federalnog MUP-a i sa čarapom na glavi doveli u Sarajevo, odakle je deportovan u Hag kazao je:

- Umrijet ću zbog ove čarape na glavi i lisica na rukama, neću zbog haške optužnice.

Optužen je za komandnu odgovornost za ratne zločine u srednjoj Bosni.

Nakon što je pušten iz Haga, da se brani sa slobode, tadašnjoj glavnoj haškoj tužiteljici Carli del Ponte poručio je: "Gospođo, ovdje me više nikada nećete vidjeti". Nepune dvije godine kasnije njegovo srce prestalo je da kuca.