Dana 24. oktobra 1946. godine u velikoj dvorani Fiskulturnog doma u Sarajevu (popularni Fis) došlo je do spajanja Omladinskog sportskog društva Sloboda i Radničkog sportskog društva Udarnik u novo društvo, zvanično nazvano Sportsko društvo Torpedo.

Ideju za ovaj naziv dao je Šefik Maglajlić koji je nakon povratka iz Rusije bio zadivljen igrom fudbalera istoimenog tima iz Moskve.

Ipak, u augustu 1947. godine, na prijedlog Mirka Ostojića, tadašnjeg glavnog urednika Oslobođenja, SD Torpedo i zvanično mijenja ime u Sarajevo, koje je ostalo do danas. Drugi bitan datum za klub došao je 20. maja 1949. godine, kada Fudbalski klub Sarajevo počinje da djeluje kao samostalna sportska organizacija. Sarajevo je već u prvoj sezoni 1946/47. učestvovalo u Kupu Jugoslavije i došlo do polufinala, gdje je eliminisano žrijebom od ekipe Naša Krila, nakon što u 120 minuta igre nije bilo golova. Kasnije je Sarajevo u utakmici za treće mjesto savladalo ekipu Sloge iz Novog Sada sa 4:1 i tako ostvarilo prvi veći uspjeh, nakon samo 13 mjeseci od osnivanja. Isti uspjeh, plasman u polufinale Kupa, Sarajevo je ponovilo i pet godina kasnije, ali ovaj put je eliminisano od Crvene Zvezde.

Debi u prvenstvu Jugoslavije Sarajevo je imalo u sezoni 1947/48, ali nažalost neuspješan. U konkurenciji 10 timova osvojili su posljednje mjesto i odmah napustili društvo najboljih jugoslavenskih klubova. Ali nakon samo jedne sezone provedene u Drugoj ligi, Sarajevo se vraća u elitu i tamo ostaje sve do sezone 1956/57 kada posljednji put u svojoj historiji ispada iz najvišeg ranga takmičenja. Nakon samo jedne sezone provedene u Drugoj ligi (1957/58) Sarajevo se vratilo u Prvu ligu i do danas zadržalo status prvoligaša.

Put prema vrhu jugoslavenskog fudbala krenuo je pojavljivanjem čuvenog Asima Ferhatovića Haseta. Tako Sarajevo u sezoni 1963/64 predvođeno Hasetom, koji je sa 19 golova bio prvi strijelac Lige, osvaja četvrto mjesto. Godinu kasnije Bordo tim postaje vicešampion Jugoslavije, a onda nakon jedne lošije sezone (9. mjesto), dolazi najuspješnija godina u historiji kluba. Sarajevo postaje prvi bh. šampion Jugoslavije, i uz to ostvaruje plasman u finale Kupa Maršala Tita, ali tu uz dosta mutnih radnji, rezultatom 2:1 gubi od Hajduka u utakmici koja se igrala u Splitu.

Nakon toga Sarajevo ostvaruje plasman među 16 najboljih evropskih timova u Kupu Evropskih šampiona, ali tamo je eliminisano od čuvenog engleskog Manchester Uniteda, koji je nakon izbacivanja Sarajeva (0:0 i 2:1) otišao do samog kraja i postao prvak Evrope.

I umjesto da to sve bude podsticaj Sarajevu da se pridruži tzv. velikoj četvorci, u jesen te 1967. godine, nakon osvojene titule prvaka i dobrog nastupa u Evropi dolazi do spora Uprave kluba sa trenerom i tvorcem te šampionske generacije Miroslavom Mehom Brozovićem. Pojedinci u klubu pokušavaju sebi pripisati sve zasluge za osvajanje titule, ocrnjujući Brozovića preko novina. Sukob je izbio između tadašnjeg tehničkog direktora Ibrahima Biogradlića i trenera Brozovića. Epilog: Brozović napušta trenersku klupu, a Sarajevo se vraća u donji dio najelitnijeg društva.

Nakon toga Sarajevo pada u agoniju. Sve što je u idućih 11 godina uspjelo napraviti je osvajanje jednog šestog i dva sedma mjesta, te plasman u četvrfinale Kupa u sezoni 1976/77. U istoj sezoni Sarajevo je jedva osiguralo opstanak. Nakon što je još 1974. godine kao 18-godišnjak došao u klub, u sezoni 1978/79. Safet Sušić, najbolji bh. igrač svih vremena sa svoje 24 godine pokazuje da je sazreo u jednog od najboljih igrača lige.

Svi uspjesi ostvareni na tri fronta (Liga, Kup, Kup UEFA) u prethodnih šest sezona (79-84) su krunisani drugom šampionskom titulom, osvojenom u sezoni 1984/85 sa četiri boda prednosti ispred splitskog Hajduka. Tako je Sarajevo postalo prvi tim izvan velike četvorke sa dvije titule prvaka Jugoslavije. Kasnije će to još poći za rukom samo Vojvodini, koja je 1989. godine osvojila svoju drugu titulu.

Iz perioda prije agresije na našu zemlju ostat će još jedino upamćena činjenica da je FSJ u sezoni 1990/91. nakon što je Liga pune 22 godine brojala 18 klubova, zbog Sarajeva proširio na 19, što je dovoljno govorilo o tome koliko je Sarajevo bilo važan faktor jugoslavenskog fudbala.

Nakon što je uslijedila agresija na našu zemlju, baš kao i sve ostale pore života i fudbal je u glavnom gradu bio ugašen. Ipak, 1993. godine FK Sarajevo izlazi iz države i obilazi svijet igrajući humanitarne utakmice. Ekipu Sarajeva je sa klupe predvodio Fuad Muzurović, a između ostalih igrali su Elvir Baljić, Almir Turković i Mirza Varešanović. Definitivno će ostati upamćena utakmica između Sarajeva i Parme, koja je završila rezultatom 2:1 za Italijane, nakon što je Sarajevo povelo golom Turkovića.

Sarajevo je aktuelni prvak i osvajač Kupa BiH, tako da se može reći kako je prošla sezona bila nauspješnija u historiji kluba.

Bordo tim je u dva navrata osvajao trofej prvaka bivše Jugoslavije (1966/67, 1984/85). Titula prvaka Bosne i Hercegovine osvojena je ukupno četiri puta (1998/99, 2006/07, 2014/15, 2018/19), čemu se dodaje i šest trofeja osvajača Kupa BiH (1996/97, 1997/98, 2001/02, 2004/05, 2013/14, 2018/19).

Igrač sa najviše nastupa u dresu FK Sarajevo je Ibrahim Biogradilić (646), dok je igrač sa najviše postignutih golova Dobrivoje Živkov (212). Veliki trag u klupskoj historiji ostavio je i Asim Ferhatović - Hase, koji je drugi strijelac svih vremena sa 198 golova, ali i najbolji kada se govori o službenim mečevima (100).