Tokom agresije na Bosnu i Hercegovinu, stadion Grbavica ili popularno zvana Dolina ćupova je postala prva borbena linija, a zapadna tribina, prenesena sa stadiona 6. april sa Marijinog Dvora prilikom same izgradnje stadiona, zapaljena je dok je dio stadiona miniran. Sa tribinom zajedno je izgorjelo i nestalo 316 pehara.

Potpisivanje Mirovnog sporazuma u Daytonu je donijelo kraj rata, a konačan povratak Grbavice pod kontrolu grada se desio 19. marta 1996. godine.

Iako gotovo potpuno uništen, na stadionu punom vidnih ožiljaka je već 2. maja 1996. godine odigrana prva zvanična utakmica. Bio je to, prikladno simbolično, gradski derbi u kojem su Željezničar i Sarajevo odigrali neriješeno (1:1).

Trideset godina poslije Stadion Grbavica dom je odigravanja evropskih utakmica Željezničara i A reprezentacije BiH.