U julu 1995. godine, kada su pripadnici vojske i policije bosanskih Srba napali Srebrenicu, Malinić je bio komandant bataljona Vojne policije pri zaštitnoj jedinici Glavnog štaba VRS-a, na čijem je čelu bio general Ratko Mladić, prvostepeno presuđen na doživotni zatvor zbog ratnih zločina i genocida počinjenih tokom rata u Bosni i Hercegovini.

U optužnici se navodi kako je Malinić, postupajući po direktnim nalozima Mladića te Milomira Savčića, od 11. do 17. jula 1995. godine na području mjesta Nova Kasaba "svjesno pružao pomoć učesnicima udruženog zločinačkog poduhvata, po kojem je plan bio zarobiti, zatočiti te po kratkom postupku pogubiti i potom pokopati vojno sposobne Bošnjake".

Cilj tog zločinačkog poduhvata, kako piše u optužnici, bio je uništiti cjelokupnu bošnjačku etničku skupinu u Srebrenici.

U optužnici je navedeno kako je konačni rezultat napada na Srebrenicu bio likvidacija više od 8.000 bošnjačkih muškaraca i dječaka te progon više od 40.000 civila, koji su do 11. jula 1995. godine boravili na tom području.

Malinić je ranije o počinjenim ratnim zločinima na području Srebrenice svjedočio na suđenju protiv Mladića pred Međunarodnim krivičnim sudom za bivšu Jugoslaviju (ICTY).

Milomir Savčić, koji je u optužnici protiv Malinića naveden kao suodgovoran za izdavanje komandi o progonima i istrjebljenjima, već je suočen sa suđenjem u odvojenom procesu za ratne zločine, koji je protiv njega također pokrenut na Sudu Bosne i Hercegovine.

VEZANI TEKST - Zaštićeni svjedok: Savčić bio u Novoj Kasabi u vrijeme zarobljavanja muškaraca nakon pada Srebrenice

Savčić je trenutno na čelu organizacije koja u bosanskohercegovačkom entitetu Republika Srpska okuplja bivše pripadnike VRS-a.

Navode optužnice protiv Malinića, Tužilaštvo će dokazivati pozivanjem 130 svjedoka, prilaganjem izjava šest svjedoka koji su u međuvremenu preminuli, prilaganjem 285 materijalnih dokaza među kojima su dokazi dobijeni od tužilaštva pri MKSJ, kao i izjava 28 svjedoka u svjedočenjima datim u MKSJ, uz saslušanje dva vještaka, sudsko-medicinske i vojne struke.

Zoran Malinić svjedočio je  i na suđenju osuđenom ratnom zločincu Ratku Mladiću, gdje je potvrdio da su vojni policajci pod njegovom komandom dva dana poslije pada Srebrenice učestvovali u zarobljavanju oko 1.200 muslimana i da je Ratko Mladić tim zarobljenicima rekao da će biti razmijenjeni.

Malinić je tada, 2013. godine, kazao da je bio komandant bataljona vojne policije pri Glavnom štabu VRS, i svjedočio je da su njegovi policajci, 13. jula 1995, čuvali zarobljene "pripadnike 28. divizije Armije BiH" na fudbalskom igralištu u selu Nova Kasaba, između Srebrenice i Bratunca. Izjavio je da je jedan vojni policajac ubio zarobljenika, ali u samoodbrani. Potvrdio je da je bio u kontaku sa Glavnim štabom VRS i da je zatražio pojačanje, zbog velikog broja zarobljenika.