Tog 7. aprila, rano ujutro, granatirana su fočanska čaršija, a onda je uslijedilo etničko čišćenje. U Foči je ubijeno oko 3.000 Bošnjaka, a još se traga za 627 žrtava. Više od 22.000 Bošnjaka je protjerano, uništeno je 13 džamija, a među njima i spomenik svjetske baštine - Aladža. 

U sastavu srpskih snaga bili su lokalni vojnici, kao i vojnici iz Srbije i Crne Gore, pripadnici Taktičke grupe Foča i pripadnici paravojnih formacija, uključujući „Bele orlove“.

Nakon što je Foča pala pod kontrolu srpskih snaga, Bošnjacima je bilo ograničeno kretanje, isključene telefonske linije i ukinuta sloboda okupljanja. Sve kuće Bošnjaka su opljačkane i spaljene, a građani su hapšeni ili sakupljani na jednom mjestu, a ponekad premlaćivani ili ubijani.

Muškarci i žene su odvajani. U Foči je odmah formirano nekoliko javnih mjesta za koje se pouzdano zna da su u njima zatvarani muškarci, žene i djeca. To su bili Kazneno-popravni dom, sportska dvorana Partizan, srednjoškolski centar, hotel Zelengora, Buk Bijela...

Srpske snage su u periodu od juna do decembra 1992. godine ubile više od 200 zatočenika u KP domu. Žene su odvođene na razne lokacije gdje su boravile u nepodnošljivim higijenskim uvjetima, gdje su zlostavljane na razne načine, dok ih je većina sistematski silovana. Srpski vojnici ili policajci su dolazili u zatočeničke centre, odabirali jednu ili više žena, izvodili ih i silovali. 

Pred Haškim tribunalom, Sudom BiH, te još četiri suda, do sada je izrečeno 19 presuda za ratne zločine na području Foče. Upravo zbog Foče, presudom iz 2001. godine u predmetu protiv Dragoljuba Kunarca, Radomira Kovača i Zorana Vukovića, Haški tribunal je prvi put u historiji međunarodnog humanitarnog prava seksualno ropstvo u ratu kvalificirao kao zločin protiv čovječnosti.